Даже при развитии антигенспецифического (адаптивного) иммунного ответа, способного целенаправленно распознавать бактерии по их антигенам, сохраняется масса возможностей для «обмана» системы иммунитета.
Многие микроорганизмы имеют на своей поверхности специальные, высокоантигенные молекулы, которые малозначимы для жизнедеятельности возбудителя. Однако они способны вызывать выработку основного иммунного ответа на себя и таким образом «отвлекать» защитные механизмы. Сам же паразит может вовсе освободиться от этих «отвлекающих» структур, диссоциируя в R- или L-формы.
Антигенная изменчивость является одной из основных форм защиты паразита от атаки иммунной системы хозяина. Особенно сильно она выражена у вирусов (вирусы AIDS, гриппа, яшу-ра и др.) Некоторые паразиты (шистосомы) могут приобретать («надевать») оболочку, содержащую белки, гомологичные антигенам хозяина. В результате такой маскировки система иммунитета не может их распознать.
Другие возбудители приобрели структуры, которые по своим свойствам напоминают рецепторы для Fc-фрагментов антител (например протеин А у стафилококков или глико-протеины у герпесвирусов). Стафилококки адсорбируют на своей поверхности антитела, но только наоборот, как бы «другим концом». В результате вся клетка возбудителя покрыта антителами, которые не только не помогают распознать ее, а напротив — маскируют ее от киллерных клеток иммунной системы.
Отдельные паразиты продуцируют протеазы, которые расщепляют иммуноглобулины с удалением Fc-фрагмента.
Другим важным направлением в «обмане» системы иммунитета служит выработка возбудителем антигенов, вызывающих очень мощную активацию иммунной системы и продуцирование большого количества цитокинов (например, эндотоксины грамотрицательных бактерий или энтеретоксины стафилококков). Это может приводить к различным физиологическим расстройствам — диссеминированному внутрисосудистому свертыванию крови, нарушению сосудистой проницаемости, циркуляторному коллапсу и геморрагическим некрозам. Чрезмерная активация иммунной системы сменяется состоянием вторичного иммунодефицита.